Aguirre nació hacia 1510 en el Valle de Araotz, en la provincia de Guipúzcoa, cerca de la actual Oñate, entonces perteneciente al Reino de Castilla. Aguirre se rebeló contra el rey Felipe II de España, al que envió cartas con un lenguaje correcto pero rebelde. Como consecuencia, él y sus hombres fueron perseguidos a lo largo de miles de millas. Aguirre murió en 1561 en Barquisimeto, que hoy forma parte de Venezuela.

Cuando Francisco Pizarro volvió de Perú con las noticias de los fabulosos tesoros, Aguirre se encontraba en Sevilla, con 21 años. Las noticias de grandes cantidades de oro le animaron a alistarse en una expedición de 250 hombres bajo el mando de Rodrigo Buran. Llegó a Perú hacia 1536 o 1537, y pronto fue conocido por su violencia, crueldad y tendencias sediciosas.

En 1544 estaba del lado del primer virrey del Perú, Blasco Núñez Vela, que llegó de España con órdenes de implantar las Leyes Nuevas, acabar con las encomiendas y liberar a los nativos. A los conquistadores que ya estaban en Perú no les gustaron estas leyes, que les prohibían explotar a los indios. Esto llevó a que Gonzalo Pizarro y Francisco de Carvajal organizaran un ejército con la intención de suprimir estas leyes y derrotaran a Núñez en 1546. Lope de Aguirre, sin embargo, tomó parte en el complot de Melchor Verdugo para liberar al virrey y así se enfrentó a Gonzalo Pizarro. Después de que este intento fracasara, escaparon de Lima a Cajamarca y comenzaron a reclutar hombres para ayudar al virrey. Mientras tanto, el virrey había escapado por mar a Tumbes y había formado un pequeño ejército, pensando en que todo el país se levantaría en favor del poder real.

La resistencia del virrey a Gonzalo Pizarro y su ayudante Francisco de Carvajal, conocido como El Demonio de los Andes, duró dos años. Finalmente fue derrotado en Añaquito el 18 de enero de 1546. Melchor Verdugo y Lope de Aguirre habían huido a Nicaragua embarcando en Trujillo con 33 hombres. Melchor Verdugo había otorgado el rango de capitán a Rodrigo de Esquivel y Nuño de Guzmán; sargento mayor, a Lope de Aguirre, y contador, a P. Henao. Henao participaría posteriormente en la expedición de Pedro de Ursúa a Omagua y El Dorado.

En 1551 Lope de Aguirre volvió a Potosí (entonces parte de Perú). El juez Francisco de Esquivel le arrestó, acusándole de haber infringido las leyes de protección de los indios. El juez no tuvo en cuenta las razones de Aguirre y su defensa, que argumentaba que era hidalgo de buena familia, y fue sentenciado a ser azotado públicamente. Con su orgullo herido, Aguirre esperó hasta el final del mandato del juez. Temeroso de la venganza de Aguirre, el juez se escondía y cambiaba de residencia constantemente. Aguirre lo persiguió a Quito y después, de vuelta, a Cuzco. Cuenta la leyenda que Aguirre persiguió a Esquivel a pie durante tres años y cuatro meses, durante los que recorrió unos 6.000 kilómetros. Finalmente, Aguirre consumó su venganza en la mansión del magistrado en Cuzco.

Aguirre se unió posteriormente (1560), a la expedición de Pedro de Ursúa por los ríos Marañón y Amazonas con 300 hombres y cientos de nativos. Un año más tarde participó en el derrocamiento y asesinato de Ursúa y su sucesor, Fernando de Guzmán, al que posteriormente sucedería Aguirre. Aguirre y sus hombres alcanzaron el Océano Atlántico (probablemente por el Río Orinoco) causando estragos entre las poblaciones nativas a su paso. El 23 de marzo de 1561, Aguirre instó a 186 capitanes y soldados a firmar una declaración que le proclamaba príncipe de Perú, Tierra Firme y Chile.