En 1505, él se enrola en la expedición de Francisco de Almeida, en la cual no es más que un simple marinero entre otros 1500 hombres enviados con el objetivo de conquistar para Portugal lugares estratégicos en la Ruta de las Indias. Es en esta expedición que él comienza su carrera de navegante, ganando experiencia y prestigio.

En 1509 viaja a Malaca, la Singapur actual, bajo las órdenes de López de Sequeira, quien comanda una expedición que debe llegar a reconocer este lugar importante del Extremo Oriente.

Durante 7 años, Magallanes navega y lucha en feroces combates, de los cuales sale herido más de una vez.

En 1512 vuelve a Portugal, pero no tarda en comenzar una nueva travesía. Habiendo alcanzado Marruecos, él hace parte de una tripulación de trece mil hombres quienes, bajo el mando de Jaime, Duque de Braganza y sobrino del rey de Portugal, debía derrotar a los piratas moriscos.

Como muchos navegantes de esta época, Magallanes se muestra muy interesado en el descubrimiento de una Ruta hacia las Indias, lo que lo conduce a fomentar un proyecto ambicioso de navegación en 1519.

A los 35 años, Fernando de Magallanes es un marinero experimentado pero aún no ha recibido el reconocimiento del Rey de Portugal.
Su amistad con Ruy Faleiro lo conduce a interesarse en la redondez de la Tierra y el descubrimiento de un pasaje hacia las Indias por Occidente.

Magallanes desea viajar hacia las Molucas, de las que le habla su amigo Francisco Serrano y que se dicen llenas de riquezas, especialmente en especias. Su idea es de navegar hacia ese lugar siguiendo la ruta del oeste, pero para eso habría que descubrir un pasaje hacia el océano Pacífico, "el mar del sur", descubierto por Vasco Núñez de Balboa en 1513.

Presenta su proyecto al rey don Manuel de Portugal quien no fue seducido por la idea del navegante. Fernando de Magallanes renuncia entonces a su ciudadanía y decide concretar su sueño fuera de su patria.
Se va de Portugal, con la esperanza de ser ayudado por la monarquía española.

Encontrándose las islas Molucas en la zona española decretada por el Tratado de Tordesillas (1494), Fernando de Magallanes debía obtener la autorización del Rey de España para concretar su plan.

Su proyecto es, en primer lugar, rechazado por la Casa de Contratación (1517), y es solamente al año siguiente que el marino portugués obtiene una entrevista con el joven Carlos Quinto (Carlos I de España).
Los argumentos para convencer al rey son la posibilidad de alcanzar las islas ricas en especias, con la seguridad de que ellas se encuentran en territorio español.

El 22 de marzo de 1518, es firmada una Capitulación en la cual el Rey se compromete a librar 5 navíos con 265 miembros de tripulación y víveres por dos años.
Magallanes recibe el mando de la expedición con el título de Adelantado y Gobernador de las tierras a descubrir, una parte de las riquezas encontradas y un sueldo para sus gastos personales.

Fernando de Magallanes puso 18 meses para preparar su expedición. Intrigas y demandas de parte del gobierno portugués interrumpían su empresa hasta que al fin, llega el momento de la partida de la flota, del puerto de San Lúcar de Barrameda, el 20 de septiembre de 1519.

Su ruta pasa por las islas Canarias, Río de Janeiro, Río de la Plata, donde llega el 10 de enero de 1520. Después la expedición prosigue su ruta hacia el sur bordeando las costas de la actual Argentina.

Entra en contacto con las poblaciones aborígenes australes. Grandes y vestidos de pieles, parecen más grandes que los seres humanos comunes. Las enormes huellas de pies que ellos dejaban llevaron a los españoles a llamarlos " Patagones ", de donde el nombre de " Patagonia " que se le dio a esta región austral.

La expedición no tarda en encontrar múltiples problemas: motines, racionamiento, pérdida de embarcación y miedo de la tripulación convencida de la inutilidad de este proyecto. Todas estas dificultades son superadas con energía por Magallanes quien no duda en utilizar la fuerza cuando es necesario.

Descubriendo la desembocadura oriental del pasaje el 21 de octubre, el 1º de Noviembre de 1520, los navíos de Magallanes entran en el estrecho que recibe el nombre de Estrecho de Todos los Santos, debido a la fiesta religiosa de ese día.
Comienza entonces una navegación lenta de los navíos buscando una ruta que debía conducirles al océano Pacífico.
 

Las observaciones de Magallanes lo llevan a la conclusión de que él se encuentra en la extremidad del continente americano, y que la Tierra del Fuego, llamada así debido a las fogatas encendidas por los indígenas, es una gran isla.

La búsqueda de la salida oeste se prolonga hasta el 27 de noviembre cuando los tres navíos restantes salen por fin al Pacífico.
Es así que Magallanes descubre la ruta tan buscada hacia las islas de las especias, y el extremo sur de Chile.

En relación con los cálculos que Magallanes había efectuado antes del viaje, él pensó que la llegada a las Molucas no era una cuestión de algunas semanas. Hacía falta navegar por casi la mitad del globo terrestre, lo que duraría 100 días, en condiciones extremas.

El cronista de la expedición, Antonio Pigafetta relata: "La galleta que comíamos ya no era más pan sino un polvo lleno de gusanos que habían devorado toda su sustancia. Además, tenía un olor fétido insoportable porque estaba impregnada de orina de ratas. El agua que bebíamos era pútrida y hedionda. Por no morir de hambre, nos hemos visto obligados a comer los trozos de piel de vaca que cubrían el mástil mayor a fin de que las cuerdas no se estropeen contra la madera... Muy a menudo, estábamos reducidos a alimentarnos de aserrín; y las ratas, tan repugnantes para el hombre, se habían vuelto un alimento tan buscado, que se pagaba hasta medio ducado por cada una de ellas... Y no era todo. Nuestra más grande desgracia llegó cuando nos vimos atacados por una especie de enfermedad que nos inflaba las mandíbulas hasta que nuestros dientes quedaban escondidos...".

La ruta que se trazó Magallanes no les permitió encontrar muchas islas o aprovisionarse. Las dos únicas islas descubiertas eran muy pobres, prácticamente sin frutos ni animales, las que él bautizó islas Desventuradas.
Prosiguiendo la travesía, el 6 de marzo de 1521, descubre las islas de " Los Ladrones ", el archipiélago actual de las Marianas, donde encuentra alimento.

El viaje interminable lo lleva a descubrir un inmenso archipiélago, el de las Filipinas, densamente poblado de aborígenes y rico en oro y especias.
La decisión de desembarcar sobre estas tierras va a costarle la vida.

La tripulación llega a la isla de Mactan, donde es atacado cuando pone el pie en tierra, por un gran número de indígenas. El capitán es herido por una piedra lanzada por uno de los asaltantes que aprovecha de este instante para darle un violento golpe de lanza, por el cual Magallanes morirá el 27 de abril de 1521.

Fernando de Magallanes muerto, la expedición prosigue bajo las órdenes del piloto Sebastián Elcano, quien tiene la suerte de llegar a las Molucas, tierras de especias, de riquezas, de selvas y de animales exóticos.

Elcano y sus hombres alcanzaron el puerto de San Lúcar de Barrameda el 6 de septiembre de 1522 a bordo del único navío sobreviviente, el Victoria. La tripulación se compone solamente de 17 hombres, aquellos que han podido contar la epopeya de la primera vuelta al mundo, una verdadera hazaña en aquella época. Elcano recibió grandes honores por esta proesa.